Как пользоваться
- Вставьте последовательность ДНК или мРНК (заголовки FASTA, пробелы и номера пропускаются).
- Выберите рамку считывания. Рамка +1 начинается с первого основания; чтобы сравнить все, выберите «Все шесть рамок».
- Выберите одно- или трёхбуквенные обозначения и скопируйте белок.
Как это работает
Последовательность режется на кодоны по три основания от начала выбранной рамки, и каждый кодон ищется в стандартном генетическом коде: ATG → M (Met), GCC → A (Ala), TAA → * (стоп) и так далее. На стоп-кодоне трансляция не обрывается — показывается вся рамка, чтобы было видно, где стоп-кодоны. Одно или два оставшихся в конце основания не переводятся. Для обратных рамок переводится обратно-комплементарная цепь.
Пример
Последовательность из примера ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA AAG GGT GCC CGA TAG в рамке +1 даёт
MAIVMGRKGAR
— 13 кодонов: Met-Ala-Ile-Val-Met-Gly-Arg, стоп (TGA), затем Lys-Gly-Ala-Arg и последний стоп (TAG).
Советы
- Чтобы найти ген, ищите рамку, где после ATG идёт длинный участок без *.
- В режиме всех рамок каждая рамка — отдельная запись FASTA (>+1 … >-3), её удобно вставлять в другие программы.
- Трансляция начинается ровно с выбранной рамки, а не с первого ATG; если нужно начать с определённого кодона, обрежьте последовательность.
- Буквы — только латинские: кириллическая «А» или «Т» вызовет ошибку.