Калькулятор GC-состава
Вставьте последовательность ДНК или РНК — просто буквами или в формате FASTA — и узнайте её GC-состав, то есть долю гуанина и цитозина среди оснований, а также длину и число каждого нуклеотида.
Работает в браузере: всё, что вы вводите, никуда не отправляется.
Как пользоваться
- Вставьте последовательность. Регистр, переносы строк и нумерованные строки из GenBank не мешают.
- Смотрите GC- и AT-состав в процентах и длину в нуклеотидах.
- Проверьте число оснований: буквы, кроме A, C, G, T и U, попадают в «прочие».
Формула
GC-состав = (G + C) ÷ (A + C + G + T/U) × 100 %. AT-состав — остальная часть определённых оснований: 100 % − GC. Длина учитывает все буквы, включая вырожденные.
Пример
В последовательности из примера 39 оснований: A 9, C 8, G 14, T 8. GC = (14 + 8) ÷ 39 × 100 = 56,41 %, на экране — 56,4 %; AT-состав — 43,6 %.
Советы
- Если в последовательности много N, процент описывает только известные основания — посмотрите на число прочих букв, прежде чем сравнивать образцы.
- Буквы должны быть латинскими: кириллическая «С» попадёт в прочие буквы, а не в цитозин.
- Даже большой FASTA-файл считается в браузере — ничего не загружается на сервер.
- Температура плавления праймера зависит от GC-состава и длины — для неё есть отдельный калькулятор.
Частые вопросы
Как считается GC-состав?
GC % = (G + C) ÷ (A + C + G + T) × 100, для РНК U считается как T. Вырожденные буквы — N, R, Y и другие — не входят ни в числитель, ни в знаменатель, потому что могут быть и G/C, и нет; они показаны отдельно как прочие буквы.
Зачем нужен GC-состав?
Пару G–C держат три водородные связи, а A–T — две, поэтому ДНК с высоким GC-составом плавится при более высокой температуре. GC-состав учитывают при подборе праймеров для ПЦР (часто ориентируются на 40–60 %), при сравнении геномов и проверке данных секвенирования.
Что не учитывается во входных данных?
Строки-заголовки FASTA, начинающиеся с > или ;, пробелы, переносы строк, цифры и знаки вроде дефисов-пропусков. Все остальные буквы входят в длину.