Calculadora de contenido GC
Pega una secuencia de ADN o ARN, simple o en formato FASTA, y verás su contenido GC —la proporción de guanina y citosina entre sus bases—, junto con la longitud y el número de cada base.
Funciona en tu navegador: nada de lo que escribes se envía a ningún sitio.
Cómo se usa
- Pega la secuencia. Mayúsculas o minúsculas, saltos de línea y líneas numeradas de GenBank no son problema.
- Lee el contenido GC y AT en porcentaje y la longitud en nucleótidos.
- Revisa el conteo de bases; las letras distintas de A, C, G, T y U van a «otras letras».
Fórmula
Contenido GC = (G + C) ÷ (A + C + G + T/U) × 100 %. El contenido AT es el resto de las bases definidas: 100 % − GC. La longitud cuenta todas las letras, también las ambiguas.
Ejemplo
La secuencia de ejemplo tiene 39 bases: A 9, C 8, G 14 y T 8. GC = (14 + 8) ÷ 39 × 100 = 56,41 %, que se muestra como 56,4 %; el contenido AT es 43,6 %.
Consejos
- Si hay muchas N, el porcentaje describe solo las bases conocidas; mira el número de otras letras antes de comparar muestras.
- Incluso un FASTA grande se cuenta en tu navegador; no se sube nada.
- La temperatura de fusión de un cebador depende del contenido GC y de la longitud: para eso está la calculadora de Tm de cebadores.
Preguntas frecuentes
¿Cómo se calcula el contenido GC?
GC % = (G + C) ÷ (A + C + G + T) × 100, contando U como T en el ARN. Las letras ambiguas como N, R o Y quedan fuera del numerador y del denominador, porque pueden ser o no G o C; se muestran aparte como otras letras.
¿Para qué sirve el contenido GC?
Los pares G–C se unen con tres puentes de hidrógeno y los A–T con dos, así que el ADN rico en GC se desnaturaliza a mayor temperatura. Se usa al diseñar cebadores de PCR (a menudo en torno al 40–60 %), al comparar genomas y al revisar datos de secuenciación.
¿Qué se ignora en la entrada?
Las cabeceras FASTA que empiezan por > o ;, los espacios, los saltos de línea, los dígitos y signos como los guiones de huecos. Todas las demás letras cuentan en la longitud.