Как пользоваться
- Вставьте последовательность: подойдут просто буквы, строки с номерами из GenBank или FASTA с заголовками >.
- Выберите «Обратно-комплементарная» (по умолчанию), «Комплементарная» (тот же порядок, парные основания) или «Обратная» (те же основания задом наперёд).
- Выберите запись буквами ДНК (T) или РНК (U) и скопируйте результат.
Как это работает
Каждое основание заменяется парным по Уотсону — Крику — A↔T (или U), G↔C, — а коды IUPAC — кодом парного набора. Для обратно-комплементарной цепи порядок ещё и переворачивается, чтобы новая цепь читалась 5′ → 3′. Регистр сохраняется для каждой буквы, поэтому замаскированные строчными буквами участки остаются видны. Если встретился не нуклеотидный символ, расчёт останавливается и показывает этот символ.
Пример
Последовательность из примера ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG (39 оснований) даёт обратно-комплементарную цепь
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Чтение идёт с конца: последнее основание G становится C, затем A→T, T→A … и первое основание A превращается в T в самом конце.
Советы и частые ошибки
- Чтобы составить обратный праймер, возьмите обратно-комплементарную последовательность участка у 3′-конца ампликона.
- Комплементарная цепь без переворота читается 3′ → 5′ — в протоколах под «второй цепью» обычно имеют в виду обратно-комплементарную.
- Буквы должны быть латинскими: кириллические «А», «С», «Т» выглядят так же, но калькулятор сообщит об ошибке, а не выбросит их молча.