Калькулятор молекулярной массы ДНК и РНК
Вставьте последовательность ДНК или РНК — заголовки FASTA, пробелы и номера позиций пропускаются. Выберите одноцепочечную ДНК, двухцепочечную (комплементарная цепь добавится сама) или РНК и укажите, есть ли фосфат на 5′-конце. Вы получите молекулярную массу, число пикомолей в микрограмме и состав оснований.
Работает в браузере: всё, что вы вводите, никуда не отправляется.
Как пользоваться
- Вставьте последовательность в направлении 5′ → 3′. Подходит и простой текст, и FASTA.
- Выберите молекулу: одноцепочечная ДНК, двухцепочечная ДНК или РНК.
- Выберите 5′-конец: гидроксил для большинства синтетических праймеров, фосфат — для продуктов ферментов или фосфорилированных олигонуклеотидов.
- Смотрите молекулярную массу, пересчет массы в моли и состав.
Формула
M (оцДНК) = 313,21 × A + 304,2 × T + 289,18 × C + 329,21 × G − 61,96
M (РНК) = 329,21 × A + 306,17 × U + 305,18 × C + 345,21 × G − 61,96
- 5′-фосфат: + 79,98 на цепь
- дцДНК: сумма двух цепей
- 1 мкг = 10⁶ ÷ M пмоль; 1 нмоль = M ÷ 1000 мкг
Пример расчета
Олигонуклеотид ATGC: 313,21 + 304,2 + 329,21 + 289,18 − 61,96 = 1 173,84 г/моль. В дуплексе с комплементарной цепью TACG (те же четыре основания) — 2 × 1 173,84 = 2 347,68 г/моль. РНК AUGC: 329,21 + 306,17 + 345,21 + 305,18 − 61,96 = 1 223,81 г/моль.
В последовательности по умолчанию из 66 нуклеотидов A 16, T 23, G 18 и C 9: 16 × 313,21 + 23 × 304,2 + 18 × 329,21 + 9 × 289,18 − 61,96 = 20 474,4 г/моль, поэтому 1 мкг — это 48,841 пмоль.
Советы
- Быстрая проверка. С этими массами средний нуклеотид ДНК весит около 309 г/моль, а пара оснований — около 618 г/моль.
- Вырожденные основания. У N, R, Y и других кодов нет определенной массы, поэтому нужны обычные основания.
- Плазмиды. У кольцевой плазмиды нет концов; разница с линейной молекулой (около 62 на цепь) при тысячах пар оснований ничтожна.
Частые вопросы
Как считается молекулярная масса ДНК?
Складываются массы нуклеотидов в составе цепи: A 313,21, T 304,2, C 289,18 и G 329,21 г/моль для ДНК, затем вычитается 61,96 на концы цепи с 5′-OH. Для РНК — A 329,21, U 306,17, C 305,18 и G 345,21. Это значения распространенной формулы Thermo Fisher и OligoCalc.
Что означает −61,96?
Масса каждого остатка включает один фосфат. У синтетического олигонуклеотида на 5′-конце фосфата нет, а на 3′-конце гидроксил, поэтому вычитается одна группа HPO₃ (79,98) и добавляется вода (18,02): −61,96. Вариант с 5′-фосфатом возвращает 79,98.
Как учитывается двухцепочечная ДНК?
Комплементарная цепь строится по вашей последовательности (A против T, G против C), и массы обеих цепей складываются, у каждой свои концы. Отдельные строки показывают массу каждой цепи.
Как перевести микрограммы в пикомоли?
пмоль = мкг × 10⁶ ÷ молекулярная масса. Калькулятор показывает, сколько пикомолей в 1 мкг; умножьте на ваше количество в микрограммах. Для последовательности по умолчанию из 66 нуклеотидов 1 мкг — это 48,841 пмоль.
Почему у поставщика число немного другое?
Поставщики могут брать немного другие массы остатков, учитывать натриевые соли или модификации (красители, фосфоротиоаты). Расхождение в несколько дальтон на десятки тысяч — нормально.