Как пользоваться
- Вставьте последовательность. Переносы строк, номера и заголовки FASTA не мешают.
- Выберите минимальную длину: 75 нт — частое значение для генов, меньшие значения находят короткие пептиды.
- Выберите старт с ATG или с любого кодона после стопа и одну или обе цепи.
- Смотрите список: рамка, координаты начала и конца, длины и белок. Кнопка копирования рядом с белком переносит его в BLAST или другой инструмент.
Как это работает
В каждой рамке программа идет по кодонам. В режиме ATG рамка открывается на первом ATG после стоп-кодона, в режиме «любой кодон» — на первом кодоне после стопа или в начале последовательности. Закрывается она на следующем стоп-кодоне в той же рамке. Минус-цепь читается по обратно-комплементарной последовательности, а координаты пересчитываются на введенную цепь.
Пример
ATGAAATAG читается как ATG AAA TAG в рамке +1: одна ORF с 1 по 9 нуклеотид, 9 нт, белок MK. В обратно-комплементарной последовательности CTATTTCAT та же ORF находится в рамке −1 и выводится как 9–1.
Последовательность по умолчанию кодирует вариант зеленого флуоресцентного белка (GFP) с короткими фланками. При минимуме 75 нт находится 11 ORF; самая длинная — в рамке +3 с 9 по 728 нуклеотид, 720 нт — кодирует белок из 239 аминокислот, начинающийся с MASKGEELFTG.
Советы
- Самая длинная — не всегда ген. В случайной на вид последовательности короткие ORF встречаются во всех рамках случайно; настоящие гены бактерий обычно длиной в сотни кодонов.
- Проверьте цепь. Гены на минус-цепи видны, только если выбраны обе цепи.
- Интроны. Геномная ДНК эукариот прерывается интронами, поэтому поиск ORF лучше вести по мРНК или кДНК.