Калькулятор молекулярной массы белка
Вставьте последовательность белка в однобуквенном коде; заголовки FASTA, пробелы, цифры и стоп-символ «*» в конце не учитываются. Калькулятор сложит массы остатков, покажет среднюю и моноизотопную молекулярную массу и оценит коэффициент экстинкции при 280 нм по триптофану, тирозину и цистину — при всех цистеинах в дисульфидах и при восстановленных.
Работает в браузере: всё, что вы вводите, никуда не отправляется.
Как пользоваться
- Вставьте последовательность в однобуквенном коде (заглавными или строчными).
- Смотрите среднюю молекулярную массу в дальтонах и килодальтонах и моноизотопную массу.
- Берите коэффициент экстинкции, подходящий вашему белку: «цистины», если цистеины образуют дисульфиды, «восстановленный», если нет или в буфере есть восстановитель.
Формулы
- M = Σ масс остатков + 18,01524 (средняя); моноизотопная — с 18,01056
- ε₂₈₀ = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(цистин), M⁻¹·см⁻¹
- A280 (1 мг/мл) = ε₂₈₀ ÷ M
Массы остатков — таблицы средних и моноизотопных масс ExPASy (например, Gly 57,0519, Trp 186,2132).
Пример расчета
Дипептид GG: 2 × 57,0519 + 18,01524 = 132,12 Да.
Последовательность по умолчанию — B-цепь инсулина человека из 30 остатков (FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT) — весит 3 429,96 Да (моноизотопная масса 3 427,6845 Да). В ней нет триптофана, два тирозина и два цистеина: ε = 2 × 1490 = 2 980 M⁻¹·см⁻¹ в восстановленной форме или 3 105, если два цистеина образуют цистин, так что раствор 1 мг/мл дает A280 около 0,87–0,91.
Советы
- Электрофорез — приблизительно. Полосы в SDS-ПААГ могут заметно отличаться от расчетной массы, особенно у гликозилированных или очень кислых белков.
- Проверьте начало. У многих зрелых белков нет первого метионина (−131,19 Да).
- Метки тоже весят. His-метка, линкер или партнер по слиянию добавляют свои остатки; вставляйте всю экспрессируемую последовательность.
Частые вопросы
Как считается молекулярная масса белка?
Каждая аминокислота в цепи потеряла молекулу воды при образовании пептидной связи, поэтому масса равна сумме масс остатков плюс одна вода на два свободных конца. Калькулятор берет таблицу масс остатков ExPASy: средние массы для молекулярной массы (вода 18,01524) и моноизотопные (вода 18,01056).
Средняя или моноизотопная масса — какая нужна?
Средняя масса учитывает природную смесь изотопов и подходит для электрофореза, гель-фильтрации и расчета концентраций. Моноизотопная использует только самый распространенный изотоп каждого элемента и совпадает с первым пиком в масс-спектрах высокого разрешения небольших пептидов.
Как оценивается коэффициент экстинкции?
По методу Pace и соавторов (1995), который использует и ProtParam: ε₂₈₀ = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × цистины, в M⁻¹·см⁻¹. Цистин — пара цистеинов в дисульфидной связи, поэтому значение дается и при всех спаренных цистеинах, и при восстановленных.
Зачем нужна A280 раствора 1 мг/мл?
Это ε, деленный на молекулярную массу, — оптическая плотность раствора 1 мг/мл в кювете 1 см. Разделите измеренную A280 на это число, чтобы получить концентрацию в мг/мл. Белок без Trp и Tyr при 280 нм не поглощает, и метод к нему неприменим.
Учитываются ли модификации?
Нет. Гликозилирование, фосфорилирование, отщепленный инициаторный метионин или сигнальный пептид меняют реальную массу; добавьте или вычтите их сами. Принимаются только 20 стандартных аминокислот.