Калькулятор числа копий ДНК
Введите количество нуклеиновой кислоты и её длину, чтобы узнать, сколько в нём молекул, — например, для стандартов ПЦР в реальном времени. Или введите нужное число копий и получите массу. Калькулятор использует средние массы 650 г/моль на пару оснований дцДНК, 330 на нуклеотид оцДНК и 340 на нуклеотид РНК.
Работает в браузере: всё, что вы вводите, никуда не отправляется.
Как пользоваться
- Выберите, что найти: число копий или массу.
- Выберите дцДНК, оцДНК или РНК и введите длину в парах оснований или нуклеотидах.
- Введите количество в нг, пг или мкг либо число копий и объём, в котором оно находится.
Формула
- Молярная масса молекулы: M = длина × 650 (дцДНК), × 330 (оцДНК) или × 340 (РНК) г/моль.
- Копии: N = m × N_A ÷ M, N_A = 6,02214076 × 10²³ моль⁻¹.
- Масса для N копий: m = N × M ÷ N_A. Фемтомоли: m ÷ M × 10¹⁵.
Пример
1 нг плазмиды длиной 5000 п. н.: M = 5000 × 650 = 3 250 000 г/моль, N = 10⁻⁹ × 6,02214076 × 10²³ ÷ 3,25 × 10⁶ = 185 296 639 копий, или 0,307692 фмоль.
Для стандарта в миллион копий той же плазмиды нужно 10⁶ × 3,25 × 10⁶ ÷ 6,02214076 × 10²³ г = 0,005397 нг, около 5,4 пг.
Советы
- Линейная и кольцевая плазмида одной длины весят на копию одинаково.
- Измеряйте концентрацию точно, лучше флуориметрически: ошибка в нанограммах — та же относительная ошибка в копиях.
- Большие числа копий выводятся полностью, например 18 248 911 394 для 10 нг оцДНК длиной 1000 нуклеотидов.
Частые вопросы
Как рассчитать число копий ДНК?
Копии = масса в граммах × 6,02214076 × 10²³ ÷ (длина × средняя масса пары оснований). Для 1 нг плазмиды длиной 5000 п. н. 1 × 10⁻⁹ × 6,022 × 10²³ ÷ (5000 × 650) ≈ 1,85 × 10⁸ копий.
Почему 650 г/моль на пару оснований?
Это обычное округлённое среднее для одной пары оснований двухцепочечной ДНК. В некоторых протоколах берут 660 — тогда копий получается примерно на 1,5 % меньше. Для одиночной цепи примерно вдвое меньше: 330 г/моль на нуклеотид ДНК и 340 для РНК.
Как сделать калибровочную кривую для ПЦР?
Найдите массу для самого концентрированного стандарта, например 10⁸ копий в вносимом объёме, и сделайте серию десятикратных разведений. Объёмы для каждой пробирки даст калькулятор серийных разведений.
Зачем поле объёма?
Если количество растворено в каком-то объёме, введите его, чтобы увидеть копии в микролитре. При 1 мкл результат совпадает с числом копий; концентрацию в нг/мкл можно ввести как количество с объёмом 1 мкл.