Calculadora del peso molecular de proteínas
Pega una secuencia de proteína en código de una letra; se ignoran los encabezados FASTA, los espacios, los números y un «*» final de parada. La calculadora suma las masas de los residuos, da el peso molecular medio y monoisotópico y estima el coeficiente de extinción a 280 nm a partir del triptófano, la tirosina y la cistina, con todas las cisteínas emparejadas y sin ninguna emparejada.
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Cómo se usa
- Pega la secuencia en código de una letra (mayúsculas o minúsculas).
- Lee el peso molecular medio en daltons y kilodaltons y la masa monoisotópica.
- Usa el coeficiente de extinción que corresponda a tu proteína: «cistinas» si sus cisteínas forman puentes disulfuro, «reducidas» si no o si hay un agente reductor.
Fórmulas
- PM = Σ masas de residuos + 18,01524 (media); monoisotópica con 18,01056
- ε₂₈₀ = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cistina), M⁻¹·cm⁻¹
- A280 (1 mg/mL) = ε₂₈₀ ÷ PM
Masas de residuos: tablas media y monoisotópica de ExPASy (por ejemplo, Gly 57,0519, Trp 186,2132).
Ejemplo resuelto
El dipéptido GG: 2 × 57,0519 + 18,01524 = 132,12 Da.
La secuencia por defecto, la cadena B de 30 residuos de la insulina humana (FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT), pesa 3429,96 Da (monoisotópica 3427,6845 Da). No tiene triptófano y tiene dos tirosinas y dos cisteínas: ε = 2 × 1490 = 2980 M⁻¹·cm⁻¹ reducida, o 3105 si las dos cisteínas formaran una cistina, así que 1 mg/mL da una A280 de unos 0,87–0,91.
Consejos
- La SDS-PAGE es aproximada. Las bandas pueden correr bastante por encima o por debajo de la masa calculada, sobre todo en proteínas glicosiladas o muy ácidas.
- Revisa el inicio. Muchas proteínas maduras no tienen la primera metionina (−131,19 Da).
- Las etiquetas cuentan. Una cola de histidinas, un conector o una proteína de fusión añaden sus propios residuos; pega la secuencia expresada completa.
Preguntas frecuentes
¿Cómo se calcula el peso molecular de una proteína?
Cada aminoácido de la cadena perdió un agua al formarse el enlace peptídico, así que la masa es la suma de las masas de los residuos más un agua por los dos extremos libres. La calculadora usa la tabla de masas de residuos de ExPASy: masas medias para el peso molecular (agua 18,01524) y masas monoisotópicas (agua 18,01056).
¿Masa media o monoisotópica? ¿Cuál necesito?
La masa media refleja la mezcla natural de isótopos y sirve para SDS-PAGE, filtración en gel y cálculos de concentración. La masa monoisotópica usa solo el isótopo más común de cada elemento y coincide con el primer pico de los espectros de masas de alta resolución de péptidos pequeños.
¿Cómo se estima el coeficiente de extinción?
Con el método de Pace et al. (1995), el mismo que usa ProtParam: ε₂₈₀ = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cistinas, en M⁻¹·cm⁻¹. Una cistina es un par de cisteínas unidas por un puente disulfuro, por eso el valor se da con todas las cisteínas emparejadas y con todas reducidas.
¿Para qué sirve la A280 de 1 mg/mL?
Es ε dividido entre el peso molecular: la absorbancia que da una disolución de 1 mg/mL en una cubeta de 1 cm. Divide una A280 medida entre ella para obtener la concentración en mg/mL. Una proteína sin Trp ni Tyr no absorbe a 280 nm y este método no sirve.
¿Se incluyen las modificaciones?
No. La glicosilación, la fosforilación, una metionina iniciadora eliminada o un péptido señal cambian la masa real; añádelos o quítalos tú. Solo se aceptan los 20 aminoácidos estándar.