Cómo se usa
- Pega la secuencia. Los saltos de línea, los números y los encabezados FASTA no molestan.
- Elige la longitud mínima; 75 nt es un valor habitual para genes, valores más cortos encuentran péptidos pequeños.
- Elige inicios ATG o cualquier codón tras una parada, y una o ambas cadenas.
- Lee la lista: marco, posiciones de inicio y final, longitudes y la proteína. Usa el botón de copiar junto a una proteína para llevarla a una búsqueda BLAST o a otra herramienta.
Cómo funciona
En cada marco el buscador avanza codón a codón. En el modo ATG, un ORF se abre en el primer ATG tras una parada; en el modo «cualquier codón», en el primer codón tras una parada o al principio de la secuencia. Se cierra en la siguiente parada del mismo marco. La cadena negativa se lee sobre la complementaria inversa y sus coordenadas se convierten a la cadena introducida.
Ejemplo resuelto
ATGAAATAG se lee ATG AAA TAG en el marco +1: un ORF de la base 1 a la 9, 9 nt, proteína MK. Su complementaria inversa, CTATTTCAT, tiene el mismo ORF en el marco −1, indicado como 9–1.
La secuencia por defecto codifica una variante de la proteína verde fluorescente (GFP), con extremos cortos. Con un mínimo de 75 nt el buscador lista 11 ORF; el más largo, marco +3 de la base 9 a la 728, mide 720 nt y codifica la proteína de 239 aminoácidos que empieza por MASKGEELFTG.
Consejos
- El más largo no siempre es el gen. En una secuencia de aspecto aleatorio aparecen ORF cortos por azar en todos los marcos; los genes reales de bacterias suelen tener cientos de codones.
- Revisa la cadena. Los genes de la cadena negativa solo aparecen si eliges ambas cadenas.
- Intrones. El ADN genómico eucariota está interrumpido por intrones, así que un buscador de ORF funciona mejor con secuencias de ARNm o ADNc.