Buscador de sitios de restricción
Pega una secuencia de ADN y verás cada enzima común que la corta, cuántas veces y dónde, o elige una enzima para obtener el tamaño de sus fragmentos y el tipo de extremos que deja. En los plásmidos circulares también se busca a través de la unión entre el final y el principio de la secuencia.
Funciona en tu navegador: nada de lo que escribes se envía a ningún sitio.
Cómo se usa
- Pega la secuencia de ADN. Sirven FASTA y texto numerado al estilo GenBank.
- Elige ADN lineal o circular.
- Deja «Todas las enzimas» para ver cada enzima que corta con sus posiciones, las que cortan una sola vez y las que no cortan. O elige una enzima para ver sus fragmentos y extremos.
Cómo funciona
Todos los sitios de la lista son palíndromos (se leen igual en las dos cadenas de 5′ a 3′), así que una sola búsqueda en la cadena superior encuentra todos los sitios. En cada coincidencia, la posición de corte es el inicio del sitio más el desplazamiento de la enzima (EcoRI: 1). En el modo circular el final de la secuencia se une a su principio, así que también se encuentra un sitio que atraviese la unión. Los fragmentos son las distancias entre cortes consecutivos.
Ejemplo resuelto
AAGAATTCAAGAATTCAA (18 pb) tiene GAATTC en las bases 3–8 y 11–16. EcoRI corta después de las bases 3 y 11. Como ADN lineal, el buscador muestra los fragmentos 8; 7; 3 bp; como círculo, 10; 8 bp (bp son pares de bases, pb).
La secuencia por defecto está construida como el sitio de clonación múltiple de un plásmido: la cortan 17 enzimas, entre ellas, con un solo corte, BamHI (después de la base 37), HindIII (7), PstI (23), SalI (25), XbaI (31), KpnI (50) y SacI (56).
Consejos
- Enzimas de corte único para clonar. Una enzima que corta un plásmido una sola vez, dentro del sitio de clonación, lo abre sin perder ningún trozo.
- Extremos compatibles. BamHI, BglII y MboI dejan protuberancias GATC que pueden ligarse entre sí.
- Cerca de los extremos. Muchas enzimas cortan mal cuando el sitio está a pocas bases del final de un producto de PCR; añade bases extra a los cebadores.
Preguntas frecuentes
¿Qué enzimas se incluyen?
41 enzimas de tipo II muy usadas, con sitios de reconocimiento palindrómicos y sin bases ambiguas, de AatII a XmaI, entre ellas EcoRI, BamHI, HindIII, NotI, XhoI, NdeI y las de 4 bases AluI, HaeIII, MspI, TaqI, RsaI y MboI. Los sitios y las posiciones de corte siguen REBASE y NEB.
¿Qué significa G^AATTC?
El acento circunflejo marca dónde corta la enzima la cadena superior: EcoRI corta entre G y A. Como el sitio es un palíndromo, la cadena inferior se corta en la posición simétrica y queda una protuberancia AATT de cuatro bases en cada extremo 5′.
¿Por qué SmaI y XmaI dan posiciones distintas para el mismo sitio?
Son neoesquizómeros: ambas reconocen CCCGGG, pero SmaI corta en el centro (CCC^GGG, extremos romos) y XmaI tras la primera base (C^CCGGG, protuberancias 5′). El buscador indica dónde corta cada una.
¿Cómo se cuentan los fragmentos de un plásmido circular?
Un círculo cortado n veces da n fragmentos; el último atraviesa la unión, desde el último corte hasta el primero. Un solo corte abre el círculo en una única molécula lineal de longitud completa. Una molécula lineal cortada n veces da n + 1 fragmentos.
¿Tiene en cuenta la metilación?
No. Algunos sitios quedan bloqueados por la metilación Dam o Dcm en el ADN de las cepas habituales de E. coli (MboI, por ejemplo, no corta GATC metilado por Dam). Comprueba la sensibilidad de la enzima antes de planificar una digestión.